一、河北省2001年脊髓灰质炎病原学监测分析（论文文献综述）
程文隽[1]（2021）在《2009-2018年中国大陆地区埃可病毒6型流行病学及基因特征分析》文中研究说明研究目的基于我国大陆地区2009-2018年手足口病例中埃可病毒6型（Echovirus type 6,E6）分离株的测定序列,与GenBank上下载筛选的E6序列进行比对分析,探究我国大陆地区E6的流行病学及分子基因特征,揭示E6的分子变异变迁规律,为我国手足口病的监测防控以及疫苗研制提供基础数据。研究方法通过国家手足口病实验室网络监测系统,在国家脊髓灰质炎实验室标本数据库搜索2009-2018年E6病毒株信息,采用实时荧光定量逆转录聚合酶链式反应（Real-time reverse transcription-polymerase chain reaction,Real-time RT-PCR）方法确定阳性标本,病毒分离上述标本以便于下游实验,通过逆转录聚合酶链式反应（Reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR）方法扩增 E6 靶基因（VP1）及全基因组并进行序列测定。结合GenBank上下载筛选的E6 VP1区及全基因组代表序列,采用Sequencer 5.0、MEGA 5.05、Simplot3.5.1等生物信息学软件构建全球E6数据库。研究结果（1）经过比对筛选得到87株全球E6代表序列。采用ML法构建系统发育树,根据已公布的肠病毒基因分型标准,将E6划分为A～F五个基因型。本研究24株分离株除HEB15-54497H、JX15-110及GZ13-6属于C基因型,其他分离株均属F基因型。（2）利用BEAST软件获得了基于84个全球分布的E6全长VP1序列的MCMC树,结果显示E6（TMRCA）的最早祖先可以追溯到1863年（95%HPD:130-185年前）。贝叶斯天际线分析结果表明中国的E6在2007-2009年期间（尤其是在2009年左右）的流行略有波动。（3）通过整理GenBank上下载的708条序列及本实验室24株E6,研究发现在2008年之后报道的E6逐渐增多,尤其是2008-2013年,达到45.86%。与此同时,从上述整理的序列中统计出356条中国序列,包括17个省,经过分析发现,约50%的毒株由污水分离而来,其次源自无菌性脑膜炎/脑膜炎和急性弛缓性麻痹病例。（4）对本研究E6全基因组分区段建立系统发育树分析,提示至少存在3种重组模式,不同重组模式分别挑选E6代表序列,均与EV-B组的流行株之间发生重组。研究结论（1）自1988年以来,中国流行的E6菌株为C、E和F基因型,F基因型是目前我国最为流行的基因型,且重症死亡病例均分布于此。不同的基因型别在地区及病例类型上分布广泛,统计学无显着的差异性。（2）基因型E和F起源时间非常接近,可能在一段时间内已进化形成两个不同分支。贝叶斯天际线结果提示中国E6在2009年有人口呈小规模增长的趋势。此后,有效种群一直保持稳定水平,病毒突变的变化始终处于较低水平。（3）环境监测中的E6检出率较高,提示病毒在环境中持续存在并且不断进化。（4）本研究中E6均在P2、P3区与EV-B组的流行株发生重组,死亡病例来源的E6株重组相比其他病例来源的E6株更为复杂。图[19]表[13]参[93]
庄雅红[2]（2021）在《疫苗转换后福建省脊髓灰质炎病毒流行株变化及特征分析》文中认为目的:通过人群和外环境监测,阐明2016年5月脊髓灰质炎（脊灰）疫苗免疫策略改变后福建省脊髓灰质炎病毒（Poliovirus,PV）的流行株变化特征,评估新免疫策略是否完全阻断2型脊灰病毒（PV2）,为我省维持“无脊灰”状态及在消灭脊灰后期阶段制定相关免疫策略提供一定的理论依据。方法:在急性弛缓性麻痹病例（Acute Flccid Paralysis,AFP）常规监测基础上,增加健康儿童和环境污水监测。对人群中采集的粪便标本及外环境污水标本进行病毒分离与鉴定,将病毒分离株进行全基因组扩增并测序。应用Excel 2007对监测数据进行汇总、整理,并利用SPSS 19.0对脊灰病毒分布特征进行分析。利用Bio Edit 7.0.9.0、Sequencher 4.1.4对测得的脊灰病毒序列进行拼接、比对,应用MEGA X＿10.2.4、Simplot 3.5.1等生物信息软件对脊灰病毒VP1区基因特征和全基因组序列进行分析,计算脊灰病毒与Sabin疫苗株的核苷酸序列差异性,并分析减毒位点、抗原位点变异及重组等情况。结果:1.福建省AFP监测系统始终维持着高敏感性及高及时性,报告病例分布在疫苗转换前后,9个地市间存在差异,但均达到各要求指标;在年龄组分布中,疫苗转换前以<3岁小年龄组为主,疫苗转换后以3～14岁AFP病例数增多;性别构成比及免疫史等分布均无差异。3956份AFP病例及密切接触者粪便标本中PV分离阳性数62株（1.6%）,疫苗转换前后分离率分别为1.9%（38/1986）和1.2%（24/1970）,两者差别无统计学意义。疫苗转换后不同阶段开展健康儿童带毒率调查,PV分离率为2.3%（27/1161）。2013～2020年环境污水监测标本中PV阳性率为43.1%（196/455）,疫苗转换前后分别为27.5%（39/142）和50.2%（157/313）,转换后明显高于转换前。提示污水中脊灰病毒分离率最高。2.三个不同来源监测到的脊灰病毒株共516株,其中AFP病例62株,健康儿童27株,污水427株,经鉴定均为疫苗相关脊灰病毒（Vaccine-associated Poliovirus,VAPV）。疫苗转换前于AFP病例分离到的38株PV中6株PV1,13株PV2,19株PV3;除3株PV1和1株PV3为高变异株外,其余34株PV的VP1区核苷酸变异数均<6个;疫苗转换后AFP病例分离到的24株PV中7株PV1,17株PV3;其中5株3型疫苗衍生脊灰病毒（Vaccine-derived Poliovirus,VDPV）,其余19株VP1区核苷酸变异数均<6个。健康儿童中分离到27株PV,均为PV3型,变异数均<5个,涉及17个位点。污水中分离到427株PV,均为脊灰疫苗株病毒;疫苗转换前74株中,分别为5株PV1,49株PV2,20株PV3;疫苗转换后353株中,56株PV1,297株PV3;疫苗转换前后共61株PV1的VP1区核苷酸变异数均<5个;PV3在疫苗转换前监测到1株高变异株和1株重组株,转换后监测到1株高变异株和1株VDPV,其余变异均<5个,且大部分变异<2个。可见疫苗转换后,福建省未再监测到PV2型病毒,提示PV2型疫苗株已被阻断。疫苗转换后PV3型成为了绝对优势血清型,发现的高变异株和VDPV也均为PV3型。3.46株代表性毒株全基因组序列分析显示,16株PV1代表株中,疫苗转换前代表株与Sabin1疫苗株的核苷酸序列平均差异性（0.47%）大于疫苗转换后（0.11%）;30株PV3代表株中,疫苗转换前代表株与Sabin3疫苗株的平均差异性（3.43%）较疫苗转换后（4.00%）无差别。3株PV1（3/16,18.6%）及23株PV3（23/30,76.7%）发生重组,无论PV1还是PV3,疫苗转换前的共12重组株中10株（83.3%）与PV2型重组;而疫苗转换后,所有14株重组株均未发现与PV2的重组,再次证实,福建省内已经阻断了PV2型循环。16株PV1代表株中共有4例（62.5%,4/7例AFP）残留麻痹病例,其分离株（5株）均出现1～3个减毒位点回复突变,而无减毒位点回复突变的其他3例均无残留麻痹,提示减毒位点的回复突变可能和病例严重程度关系密切。30株PV3代表株中共有10例（52.6%,10/19例AFP）残留麻痹病例,其分离株（10株）均发生1～4个回复突变,但无残留麻痹的P19-120-2病例分离株也有1个减毒位点回复突变;且所有残留麻痹病例分离株中均发生两种以上变异（重组、减毒位点回复突变、抗原位点变异）,可见单一减毒位点的突变可能还不足以使其致残,尚需其他因素共同作用。结论:1.疫苗转换前后,PV在人群及环境中的分离率没有发生变化,疫苗转换对PV的分布没有造成影响。2.疫苗转换前PV2为PV血清型优势株,疫苗转换后PV3代替PV2成为优势血清型,各监测数据提示福建省已阻断PV2型疫苗株循环,实现了PV2型的消灭。3.重组在脊灰分离株中是常见的,关键毒力位点和抗原位点的变异和病毒致病力有关。4.在常规AFP病例监测基础上,污水和健康儿童监测可以进一步提高脊灰监测敏感性。人群及外环境监测相结合,能够全面阐释福建省脊灰病毒流行变异情况,为我省维持“无脊灰”状态及在消灭脊灰后期阶段制定相关免疫策略提供一定的理论依据。
袁颖[3]（2020）在《新生儿感染埃可病毒11型临床、基因特征及分子检测方法》文中提出背景感染是导致新生儿死亡的重要原因,住院患儿因免疫系统不成熟、使用广谱抗生素、接受侵入性外科操作等因素影响,容易发生医院获得性感染,尤其在新生儿重症监护病房（Neonatal Intensive Care Unit,NICU）内,医院获得性感染与患儿的发病率和死亡率显着相关。本实验室长期对我院就诊患者进行发热呼吸道症候群、发热出疹症候群和腹泻症候群病原谱的监测,其中80%为儿童,包括新生儿。在监测工作中发现,2019年5～7月集中检出来自我院NICU 7例埃可病毒11型（echovirus 11,EchoV 11）阳性样本。EchoV 11属于B组肠道病毒,多数致死性肠道病毒感染由EchoV 11所致。1977年至今,国外已报道多起新生儿病房内EchoV 11的暴发,死亡率高;国内目前多为散发病例,近年也开始出现新生儿院内感染的隐患,但尚未引起广泛关注。目前临床常用的EchoV 11检测方法是利用多聚酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）扩增VP1区序列后进行测序鉴定,该方法检测周期较长（约2～3天）,国内外目前还未有针对EchoV 11的快速分子检测方法报道。目的对我院NICU集中检出的EchoV 11感染阳性患儿进行临床特征和EchoV 11 VP1区基因特征分析,探究病例间的关联性以及病毒的进化来源,为EchoV 11不同基因型的流行情况提供参考。并在上述研究基础上,尝试建立针对EchoV 11 VP1区高敏感性、高特异性的荧光定量PCR（Quantitative PCR,qPCR）方法,用于EchoV 11的快速检测,代替耗时长的传统VP1区扩增测序分型,以期实现对该病原引起的院内及社区获得感染进行快速、简便筛查及监测。方法1.对2013年1月1日至2019年12月31日我院NICU疑似肠道病毒感染的患儿采集肛拭子样本,筛选出非EV-A71/CV-A16的肠道病毒阳性样本,进行5’-UTR和VP1区扩增测序分型,对分型鉴定为EchoV 11阳性样本进行分离培养,扩增VP1区完整序列并测序。分析EchoV 11阳性患儿的临床特征,同时根据VP1区完整序列构建系统进化树,比较本研究分离株与国内外其他分离株的进化距离。2.参考近年国内流行的EchoV 11序列设计引物,建立针对EchoV 11 VP1区高敏感性、高特异性的qPCR方法,并构建重组质粒作为标准品,分析方法灵敏度、特异性、检测限和重复性。结果1.2019年5～7月检出来自我院NICU 6位患儿的7例EchoV 11阳性样本（9.7%）,6位患儿均有气促、呼吸困难等临床表现。分离培养获得4株EchoV 11,核苷酸同源性97.9%～100.0%,氨基酸同源性99.0%～100.0%,均为D5亚型,与2019年广东省CDC分离的云浮株和顺德株高度同源。系统发育分析与国内其他地区2016年开始流行的D5亚型毒株进化距离相近;与国外分离株:AY121374.1（突尼斯1999年）、AY121375.1（荷兰2010年）、HG793702.1（法国2010年）和MN896926.1（美国2019年）属于同一分支,进化距离相近。2.本研究成功建立了适用于国内流行的EchoV 11 SYBR Green qPCR检测方法,扩增效率为84.0%,灵敏度、特异性分别为100.0%（95%CI:56.1%～100.0%）和98.7%（95%CI:91.8%～99.9%）,检测下限为104～105copies/ml,检测结果变异系数为1.60%～4.73%。结论1.本研究分离的EchoV 11均为D5基因亚型,与近年我国其他D5亚型分离株同源性高。该亚型可能由荷兰、法国等地输入,并于近年开始在国内流行,可侵犯呼吸系统、神经系统,引起相应的呼吸道和神经系统症状。未来EchoV 11的流行趋势有待后续研究进一步分析。2.本研究成功建立了适用于国内流行的EchoV 11 SYBR Green qPCR检测方法,初步探究灵敏度、特异性和检测重复性均较好,但由于参与分析的样本量较少,检测性能评估不够全面,针对此类快速分子诊断方法的检测性能、应用前景,以及可否有效提高临床对感染患者的诊断效率,还有待后续相关研究进一步评估或改进。
何思然[4]（2019）在《云南省2000～2017年急性弛缓性麻痹病例中残留麻痹流行病学特征分析》文中研究说明[目的]通过对云南省急性弛缓性麻痹病例残留麻痹流行病学研究,掌握云南省急性弛缓性麻痹病例中残留麻痹发生的影响因素,探讨分析部分残留麻痹病例病原学特征,为最终实现消灭脊灰和降低AFP病例残留麻痹比例提供科学依据。[方法]1.收集2000～2017年云南省AFP病例监测系统报告的AFP病例残留麻痹资料,运用描述流行病学方法,对资料进行分析;将AFP病例分为AFP病例残留麻痹和AFP病例非残留麻痹,采用病例对照研究方法分析云南省15岁以下AFP病例儿童发生残留麻痹的危险因素。2.采用Excel2010进行数据整理、时间特征分析及相关图表的制作,采用SPSS 17.0进行统计学分析。3.卡方检验分析率、构成比的组间比较;圆形分布法分析时间特征;单因素卡方检验筛选出影响AFP病例残留麻痹的相关变量,对有统计学意义的变量采用非条件Logistic回归分析。4.对部分病例的病毒分离株进行全基因组序列测定,进行变异和重组分析。[结果]1.云南省2000～2017年共报告AFP病例4302例,99.04%的病例在麻痹60天后进行了随访,发现死亡病例124例,占2.88%;残留麻痹病例876例,占20.36%。云南省2000～2017年间AFP病例残留麻痹率呈下降趋势,2001年残留麻痹率最高,2017年最低。2.AFP病例残留麻痹发生麻痹的时间较为均匀,无明显的季节性。3.云南省15岁以下人群报告的AFP病例残留麻痹率平均水平为0.50/10万,昭通市最高,为0.92/10万,西双版纳傣族自治州最低,为0.25/10万。4.云南省2000～2017年登记报告的AFP病例残留麻痹者中有499例男童,377例女童,男女报告患者数按性别比为1.32:1。男女童间残留麻痹发生率分别为 18.68%（499/2671）和 23.11%（377/1631）,差异有统计学意义。5.876例AFP病例残留麻痹中,各年龄组均有残留麻痹病例,<5岁、5-9岁、10-14岁AFP病例残留麻痹例数分别为554例、154例、168例,分别占63.24%、17.58%、19.18%;以<5岁组儿童占比最高;<5岁儿童中以1岁、2岁组儿童占比较高。6.876例AFP病例残留麻痹中,疾病谱顺位居前的病种包括GBS、横贯性脊髓炎、脊髓炎、创伤性神经炎、脑炎。7.相关因素分析显示,女性、小年龄发病、散居儿童、麻痹时肌肉疼痛、麻痹程度严重、深部腱反射异常、粪便分离出脊灰病毒疫苗株、四肢麻痹为AFP病例残留麻痹升高的因素,其中初始麻痹时四肢均麻痹、检出脊灰病毒疫苗株是AFP病例发生残留麻痹的重要因素。8.876例AFP病例残留麻痹中采集到双份粪便标本的有857例,开展病原学检测发现,脊灰分离阳性病例中检出Ⅰ型脊灰病毒的病例占16.86%,检出Ⅱ型脊灰病毒的病例占57.83%,检出Ⅲ型脊灰病毒的病例占44.57%。9.5例重点病例分离到的PV中,有4株在nt472的回复突变与PV3野病毒序列已经完全一致;4株脊灰病毒在其生活周期内均发生了 1次以上的重组,显示疫苗株脊灰病毒之间的重组在类似病例中较为常见。[结论]云南省2000～2017年15岁以下儿童AFP病例残留麻痹率呈现下降趋势,报告发病率为0.61/10万,残留麻痹病例占AFP报告病例的20.36%。病例的发生无明显的季节性。昭通市AFP病例残留麻痹率较高,提示今后应加强昭通地区的监测工作并不断改善大卫生环境。女性、小年龄发病、散居儿童、疼痛时肌肉疼痛、麻痹程度严重、深部腱反射异常、粪便分离出脊灰疫苗株、四肢麻痹是AFP病例残留麻痹发生的主要因素。监测的AFP病例残留麻痹中主要疾病有GBS、横贯性脊髓炎、创伤性神经炎、脑炎等。本研究从5例AFP病例残留麻痹中选取的5株脊灰疫苗株存在普遍的回复突变及重组现象,核酸突变的位点是重要的神经毒力回复的决定位点。
李婕[5]（2019）在《埃可病毒11型多个基因型在中国大陆的循环及肠道病毒的实验室生物安全研究》文中指出研究背景:肠道病毒（enterovirus,EV）归属于小RNA病毒目小RNA病毒科中的肠道病毒属。目前已经报道的EV有116种血清型,分属于15个组:EV-A至EV-L,以及鼻病毒A-C组。肠道病毒为无包膜病毒,在酸性环境中稳定,对紫外线敏感,目前实验室常用的EV灭活方式包括热力灭活、紫外线照射、含氯消毒剂及甲醛熏蒸等方式。Echovirus 11作为EV-B的一员,是较常分离到的EV,疾病谱分布广泛:从轻度非特异性症状到全身性疾病,如皮疹,发热,手足口病（Handfoot,andmouthdisease,HFMD）,葡萄膜炎（uveitis）和严重的神经系统疾病,包括无菌性脑膜炎,脑炎和急性迟缓性麻痹（acute flaccid paralysis,AFP）等。特别是导致新生儿败血症样症状（sepsis-likedisease）和多器官系统出血（multisystem hemorrhagic disease）的发生,其高病死率引起社会恐慌。文献提示,有关E-11流行病学和基因特征及实验室EV灭活效果评价方面的研究仍比较匮乏。仅有的E-11基因特征研究在地理分布和时间跨度上也较为局限,本实验室曾经对1999年西藏自治区和1999-2003年山东省AFP病例中分离得到的E-11毒株进行过相关研究,本研究在此基础上依托HFMD网络实验室监测技术平台,首次对中国大陆分离得到的E-11毒株进行流行病学、基因特征及遗传进化等方面的系统研究;并在EV生物安全二级实验室（Biosafety laboratory-2,BSL-2）中首次对EV常用灭活方式进行了系统评价。研究目的:阐明我国E-11的流行规律,建立E-11 VP1全长及全基因组序列的测定方法,更新E-11基于VP1全长的基因分型结果,系统掌握E-11不同基因型别毒株在全球及全国范围内的分布及流行规律,完善对其基因重组及遗传进化规律的认识,为E-11的进一步研究提供基础数据,为相关疾病的预警预测及预防控制提供科学依据。系统评价EV常用灭活方式的灭活效果,建立BSL-2实验室表面消毒技术,确保实验操作人员安全,为生物安全管理提供可靠数据。研究方法:基于中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所建立的中国大陆AFP、HFMD网络实验室监测技术平台,收集1999-2003年,2008-2017年中国大陆由E-11引起的共59例AFP及HFMD病例信息,并扩增全部E-11 VP1全长序列。同时收集筛选GenBank数据库500条国内外E-11 VP1编码区全长序列,建立E-11 VP1区全长序列数据集;对从HFMD网络实验室检测平台获得的17株E-11毒株进行全基因组测序,使用Sequencher、MEGA、Bioedit、Simplot软件对其基因序列特征,重组情况和进化规律等特征进行系统分析。利用细胞培养技术,将灭活处理后的病毒接种于细胞进行病毒滴度实验,通过观察细胞病变效应（CPE）,并利用behrens-karber法计算灭活后EV的TCID5o,评价EV热力灭活及常用消毒剂的灭活效果。研究结果:1.截止至2018年12月5日,共收集到国内外E-11 VP1区核苷酸序列全长559条,其中包含分离至六大洲33个国家,时间跨度为1953-2014年度,来源于11种疾病类型的E-11 VP1区全长序列359条和分离至中国大陆1994-2017年12个省份（自治区）的200条E-11VP1区核苷酸全长序列。其中59条为本实验室分离株:41株来源于本实验室前期基于AFP网络实验室监测技术平台,18株来源于HFMD网络实验室监测平台。HFMD来源的18株E-11毒株中有4株为重症HFMD,分离至2012年广东省,2010年湖南省,海南省和2017年河北省。2.基于VP1区核苷酸序列全长,按照肠道病毒基因型别划分标准将E-11划分为A-F六个基因型,基因型A,C和D可被进一步划分为A1-A5,C1-C4和D1-D5基因亚型。其中基因型F是本研究划分的新基因型,D5基因亚型在HFMD中的检出为国内首次报道。3.除中国大陆外共获得六大洲33个国家,时间跨度为1953-2014期间的359株E-11毒株,经分型鉴定后分布于A4-A5、B、C2、C4、D1-D5和F基因（亚）型中。D5基因亚型为1998-2014年度国外流行的优势基因亚型,首次于1998年分离于Tunsia。4.中国大陆分离至1994-2017年度的200株E-11经分型鉴定后,分布于A1-A3、B、C1、C3、D5和E基因（亚）型中,A1基因亚型为2008-2017年度中国大陆流行的优势基因亚型。A1基因亚型自2006年首次从AFP病例中被分离后,至2017年一直有持续性流行。5.将HFMD来源的可获得全长序列的17株E-11毒株根据不同基因型别和不同疾病类型进行重组分析。本实验分离到的轻、重症病例D5基因亚型分离株的重组方式相同,表现为在3C区与EV-B100和EV-B111发生重组,在3D区与EV-B86发生重组;A1基因亚型轻、重症病例分离株间的重组模式存在差异,轻症病例A1基因亚型分离株的重组方式与D5基因亚型分离株相同,3株重症病例A1基因亚型分离株存在两种不同的重组模式,一种以HaN-2010-165和HuN-2010-112为代表,表现为5’-UTR与EV-B98发生重组,另一种以GD-2012-34为代表,表现为5’-UTR与EV-B74,3D区与EV-B86存在重组;除与EV-B原型株存在重组外,中国大陆E-11分离株还与近几年流行的其他EV-B流行株发生重组,重组活动频繁。6.肠道病毒热力灭活方式显示,56℃加热灭活30min后可使EV-A71病毒的灭活对数值超过6,65℃加热灭活30min,70℃加热灭活10min后观察不到CPE发生,建立灭活温度和处理时间的多重线性回归方程,结果显示温度每提高10℃,EV-A71病毒滴度下降约1.7个TCID50,灭活作用时间每提高10分钟,EV-A71病毒滴度下降约0.2个TCID50;化学消毒剂灭活效果评价显示,三氯异氰尿酸泡腾片,virkon消毒粉和新型消毒剂次氯酸分子可以有效灭活EV-A71病毒。研究结论:1、基于E-11 VP1编码区全长序列,可将其划分为A-F共六个基因型,其中F基因型为本研究划分的新的基因型别,分离至非洲中西部的内陆国家;D5基因亚型的E-11毒株在中国HFMD中的检出为国内首次报道。2、1994-2017年度中国大陆分离到的200株E-11毒株可以被划分到A1-A3,B,C1,C3,D5,E基因型,存在多个E-11基因型的循环,其中A1-A3为中国大陆本土流行株,暂未见其他国家报道。3、分子流行病学分析显示,A1基因亚型是2008-2017年期间中国大陆流行的优势基因型别,以1999年和2008年为时间节点,中国大陆流行的E-11基因型别可能发生了较为明显的转变:持续流行的基因型别由C1转变为A2,再转变为A1基因亚型。4、除中国大陆外其他国家分离到的E-11毒株的基因型分布可能在1998年前后发生明显转变,由D4基因亚型转变为D5基因亚型的持续性流行,1998-2014年期间D5基因亚型是国外分离株的绝对优势基因型。5、基因重组:本研究提示中国大陆HFMD来源的E-11毒株在5’-UTR区和3D区与其他EV-B新型肠道病毒发生重组,A1基因亚型分离株重组方式较D5基因亚型多,可能在其成为优势基因亚型过程中起着重要作用;HFMD来源的E-11毒株与近年流行的其他EV-B流行株重组活动频繁,且不乏与暴发事件分离株发生重组,成为其将来导致疾病暴发流行的潜在隐患。6、热力和化学消毒剂对EV-A71的灭活效果与灭活温度、消毒剂浓度和处理作用时间等因素有关,研究化学消毒剂对EV-A71的灭活曲线对于指导化学消毒剂浓度和处理作用时间的选择具有重要意义。
韩振志[6]（2019）在《2017年西藏自治区健康儿童粪便标本病毒组学研究 ——基于病毒宏基因组学的病原体鉴定及分析》文中研究指明研究背景:肠道病毒属隶属于小RNA病毒目（Picornavirales）下的小RNA病毒科（Picornaviridae）,目前肠道病毒属包括15个组（Species）,分别是肠道病毒A-L和鼻病毒A-C,共计200多个血清型,引起人类疾病的主要是肠道病毒A-D和鼻病毒A-C,肠道病毒是引起人类弛缓性麻痹、无菌性脑膜炎、心肌炎和儿童手足口病等传染病重要的致病病原体。自从2008中国大陆建立起手足口病实验室监测网络以来,肠道病毒的流行病学、病原学以及分子流行病学研究有了突飞猛进的进展,肠道病毒的诊断方法得到了较大的改进。由于肠道病毒A组71型、柯萨奇病毒A组16型和柯萨奇病毒A组6型是手足口病的主要致病病原体,因此目前大多数研究集中在这几种肠道病毒上,但是对于其他少见血清型肠道病毒的研究依旧较少,对于他们的遗传进化规律、流行特点、传播模式和致病力的研究仍是空白。并且,肠道病毒感染后多数呈现隐性感染和轻症感染,由于没有临床症状或症状轻微因而很难被监测到,对于它们的分子流行病学特征和变异变迁规律的研究也不够充分。随着下一代测序技术（next-generation sequencing,NGS）的发展,应用NGS去研究动物、植物、真菌和细菌的遗传变异规律已经成为国际上的常规技术手段,为认识病毒圈（Virosphere）奠定了技术基础。NGS也为我们研究健康儿童体内肠道病毒病原谱构成提供了技术条件,有利于研究人员全面地认识肠道病毒在健康人群内流行特点、遗传变异规律和致病力的变化。对于充分了解我国人民的健康水平有着非常重要的作用,有利于肠道病毒病的临床诊断、治疗、疫苗研发和公共卫生防控政策的制定。西藏自治区位于我国的西南边陲,与缅甸、印度、不丹、尼泊尔、克什米尔等国家及地区接壤,地理位置的重要性十分突出,在国家大力援助西藏自治区的政策方针下,加强西藏自治区健康儿童的肠道病毒流行特征监测,对于提升当地人民的健康水平和公共卫生政策的制定有着十分重要的意义。研究目的:进行2017年我国西藏自治区健康儿童粪便样本病毒组学研究,探索分析粪便标本处理、病毒宏基因组文库构建、生物信息学数据分析等对病毒组学研究的影响及适用条件。结合病毒分离和一代Sanger测序方法,从病毒宏基因组和一代测序两个角度分析2017年西藏自治区健康儿童携带肠道病毒的病原谱构成,揭示西藏自治区健康儿童主要血清型肠道病毒的流行和传播特点。研究方法:对采集于2017年中国西藏自治区健康儿童的311份粪便样本进行处理,分别使用转录组NGS测序和病毒分离结合一代Sanger测序方法对粪便标本进行肠道病毒病原谱研究。本研究中对311份粪便标本共构建4个文库,采取宏转录组测序方法;同时使用fastqc、Trimmomatic、bwa、blast等国际上最新的生物信息学软件,对二代测序的原始数据进行处理和分析,从中获取到病毒的序列,并且完成组装和注释工作;采用病毒分离方法,并对分离的肠道病毒进行一代Sanger测序和分子定型工作,以验证病毒宏基因组测序结果;结合GenBank中已有序列,对柯萨奇病毒B组3型（coxsackievirus B3,CV-B3）进行系统的分析,阐明其分子流行病学特征、进化和变异变迁规律等。研究结果:1.基于NGS技术对2017年西藏健康儿童粪便标本中的病毒谱进行了分析。尽管去除了人类rRNA后,人类基因组序列和细菌序列仍然占据文库数据的90%以上,病毒的序列所占比例不足5%。2.通过病毒宏基因组学方法揭示了 2017年西藏健康儿童粪便标本中的病毒组构成,结果表明不同文库中的主要病毒类型差异较大,其中杯状病毒科和小RNA病毒科在各个文库中含量较高,并且EV核苷酸序列在各个文库占比变化较大。各个文库含有非常多与人类疾病无关的病毒（例如烟草花叶病毒）,有一些未分类和未能培养的病毒（占病毒序列的比例不足1%）,这初步表明健康儿童的粪便样本中病原谱十分复杂。3.探讨了 EV宏基因组学的研究方法,针对粪便标本处理、文库构建和生物信息学数据分析等影响因素进行探讨,形成了一条适用于EV的简单的病毒发现和鉴定的工作流程。进一步分析了 EV宏基因组结果,探讨了测序数据中的EV基因组的测序深度和覆盖度,对造成测序数据回帖至参考基因组失败的原因进行了分析。4.初步构建了针对EV的高通量数据生物信息学分析平台,并将该平台应用于EV的发现和鉴定,于2017年西藏健康儿童粪便标本共鉴定EV血清型12个,并且成功拼接出部分丰度较高的CV-A10等EV的全基因组序列,。5.采取病毒分离、荧光定量PCR和一代Sanger测序方法对宏基因组学的结果进行了验证和分析,共鉴定EV血清型14个,EV病原谱以CV-B3为主。6.CV-B3在中国大陆地区形成了三条传播链（lineagel-3）,其中lineagel逐渐趋于消失,lineage2和lineage3在中国大陆地区共同循环和传播。西藏在2017年之前存在两条CV-B3传播链,分别是lineage2和lineage3,与内陆地区CV-B3共同进化。7.分析了 CV-B3在世界范围内的起源和进化特征,结果表明CV-B3在世界上形成多个进化分支（基因型A-E）,并且观察到零星的输入和输出情况。根据目前的数据分析,CV-B3最早应该起源于欧洲国家,经过几十年的循环和传播,逐渐形成现在的基因型,在多地流行并引起过局部暴发。研究结论:1.基于高通量测序技术对2017年西藏健康儿童粪便样本中的EV病原谱进行了全面的分析。结果发现人类基因组序列和细菌在文库中占比高,病毒序列在粪便样本中的占比低,这与已有的报道一致。2.对西藏健康儿童粪便样本中的病毒组构成进一步分析,阐明了粪便样本中病毒组的复杂程度。结果发现杯状病毒科、小RNA病毒科等病毒在病毒组中占比较高,还发现一些与人类疾病无关的病毒和未能分类培养的病毒序列。这揭示了健康儿童粪便样本中病原谱的多样性和复杂性。3.本研究针对病毒宏基因组学的样本处理、文库构建和数据分析等影响因素进行分析,阐明测序数据中部分EV基因组的测序深度和覆盖度,对造成部分EV基因组覆盖度不完整的原因进行了讨论。4.采取病毒分离和一代Sanger测序方法对病毒宏基因组学的结果进行了验证和比较,分别比较和分析这两种方法的结果,对检测出的肠道病毒和种类和数量进行了讨论,这为高通量测序应用于EV的检测提供了参考。5.本研究对世界范围内的CV-B3的基因型进行了划分（A-E）,其中基因型D是中国大陆优势基因型。CV-B3在中国大陆地区存在三条传播链（lineage1-3）,lineage2和lineage3逐步取代lineage1而共同循环和传播。进一步阐述CV-B3在世界范围内的起源和进化特征。CV-B3最早起源于1915年左右,结果表明CV-B3最早应该起源于欧洲国家,经过几十年的循环和传播,逐渐形成现在的A-E共5个基因型。这为认识CV-B3在中国和世界范围内的分子流行病学特征提供重要的价值。
张文俊[7]（2019）在《河北省手足口病重症和死亡病例其他肠道病毒的流行病学和病原构成特征研究》文中研究指明目的描述和分析2013-2017年河北省手足口病重症和死亡病例其他肠道病毒的流行病学和病原流行特征,掌握河北省手足口病重症和死亡病例其他肠道病毒发病的流行特点及病原构成情况。对引起河北省手足口病重症和死亡病例的其他肠道病毒病原的基因特征进行分析,进一步掌握病原基因进化特征。方法1 2013-2017年河北省手足口病重症和死亡病例其他肠道病毒流行病学特征分析:收集整理中国疾病预防控制信息系统中2013-2017年河北省手足口病监测疫情资料,利用描述性流行病学方法对其三间分布特征进行分析。2 2013-2017年河北省手足口病重症和死亡病例其他肠道病毒病原流行特征及病原基因进化特征分析:收集整理2013-2017年河北省各地市手足口病实验室上送的手足口病重症和死亡病例其他肠道病毒标本,经病毒分离选出阳性标本。提取阳性标本核酸并进行VP1区序列扩增,并对扩增产物进行序列测定。经Blast比对确定病毒基因型别,并描述病原分布特征。将病原基因序列进行核苷酸和氨基酸同源性分析,并与其对应代表株序列构建亲缘进化树。结果1 2013-2017年河北省累计报告手足口病300323例,年均发病率为81.14/10万。其中,其他肠道病毒手足口病7698例,占手足口病报告总病例的2.56%,年均发病率为2.08/10万。五年累计报告其他肠道病毒手足口病重症和死亡病例86例（重症84例,死亡2例）,占其他肠道病毒手足口病报告病例的1.12%,年均发病率为2.32/1000万。各年度重症和死亡病例占比差异有统计学意义（χ2=18.97,P=0.001）;各年度其他肠道病毒手足口病重症和死亡发病率差异无统计学意义（χ2=4.85,P=0.303）。时间分布有明显的季节性,每年4月份开始发病人数逐渐上升,5-7月达到最高峰,之后逐渐下降。与同期手足口病发病的时间分布情况一致。地区上,主要集中于河北南部。发病数前4的地区包括衡水、石家庄、邢台和秦皇岛,共占五年累计报告其他肠道病毒重症和死亡病例的80.23%。人群分布上,发病以1-年龄组儿童为主,五年累计占比65.12%。性别上,男性50例,女性36例,男女性别比为1.39:1。各年间性别比差异不具有统计学意义（χ2=3.09,P=0.543）。职业分布上,以散居儿童为主,占总发病人数的93.02%。2 2013-2017年,河北省手足口病实验室共收集各地市实验室其他肠道病毒手足口病重症和死亡病例标本86份,经病毒分离获得阳性毒株39份,阳性率为45.35%。对毒株进行VP1区序列扩增测序,经Blast比对确定病毒基因型别包括CV-A2、CV-A4、CV-A6、CV-A9、CV-A10、Echo3和Echo11。时间分布上,病原构成呈动态变化。五年来均有其他肠道病毒病原检出,除2013年由CV-A10构成外,其他年份均由多种病原构成,且病原种类不一。发病时间集中于4-8月份,其中5月份发病最多,其他月份均无病原检出。地区分布上,病原分布在邯郸、衡水、石家庄、邢台和秦皇岛五个地市。其中邢台病原类型最多,包括CV-A2、CV-A6、CV-A9、CV-A10和Echo3五种类型。3 CV-A6分离株核苷酸和氨基酸序列同源性分别为82.3%-97.8%、88.5%-98.1%,CV-A10分离株核苷酸和氨基酸序列同源性分别为71.0%-97.5%、74.0%-98.2%,CV-A4分离株核苷酸和氨基酸序列同源性分别为81.3%、92.0%。亲缘进化树显示,CV-A6分离株与D3a、D3b两种亚型代表株处于同一分支,CV-A10分离株与D2、D3两种亚型代表株处于同一分支,CV-A4处于D3分支。结论1河北省其他肠道病毒手足口病重症和死亡病例在发病时间上呈现季节性和周期性,主要集中于4-10月份,5-7月达到发病高峰,符合手足口病流行的整体趋势。2地区分布上,主要分布于河北省南部。发病人群以散居儿童为主,年龄主要集中于1-年龄组,且男童较女童更易患重症。3 2013-2017年河北省手足口病重症和死亡病例其他肠道病毒病原型别包括CV-A2、CV-A4、CV-A6、CV-A9、CV-A10、Echo3和Echo11。其中,优势型病原以CV-A6、CV-A10为主,且均未出现新的进化分支。图12幅;表10个;参143篇。
郭敬云[8]（2019）在《河北省脊髓灰质炎疫苗免疫程序转换前后急性弛缓性麻痹病例流行特征比较研究》文中研究表明目的:分析比较河北省脊髓灰质炎（poliomyelitis,脊灰）疫苗免疫程序转换前后急性弛缓性麻痹（acute flaccid paralysis,AFP）病例流行特征,评价脊灰疫苗免疫程序转换的效果,为继续调整脊灰疫苗免疫策略、消灭脊灰提供科学依据。方法:1.采用描述性流行病学方法比较分析河北省脊灰疫苗免疫程序转换前后两年（2014年5月2016年4月与2016年5月2018年4月）AFP病例的流行病学和病原学特征。2.采用人横纹肌肉瘤细胞（RD细胞）、转人脊灰病毒受体基因的小鼠肺细胞（L20B细胞）分离脊灰病毒,细胞病变效应阳性分离物采用实时荧光定量RT-PCR方法进行型内鉴定;采用细胞中和抗体试验检测血清脊灰中和抗体水平。3.采用SPSS21.0软件进行统计检验:率、构成比的比较采用卡方检验和Fisher’s确切概率法,等级资料的比较采用秩和检验,脊灰中和抗体水平比较采用方差分析,检验水准α=0.05;多变量影响因素分析采用Logistic回归。结果:1.脊灰疫苗免疫程序转换前后河北省AFP病例分别报告652例、633例,15岁以下儿童报告发生率分别为2.49/10万、2.26/10万（χ2=2.903,P=0.088）。2.脊灰疫苗免疫程序转换前后04岁AFP病例占比分别为63.50%、54.98%,比较年龄构成（Z=-3.438,P=0.001）;男女性别比分别为1.72:1、1.30:1（χ2=5.886,P=0.015）;各月份、各地市病例均散在分布。AFP病例60d残留麻痹率分别为14.72%、16.27%（χ2=0.588,P=0.443）。3.脊灰疫苗免疫程序转换前河北省报告疫苗相关麻痹型脊灰（Vaccine-associated Paralytic Poliomyelitis,VAPP）病例4例、脊灰疫苗衍生病毒（Vaccine-derived Polio virus,VDPV）病例1例,转换后无VAPP病例、VDPV病例的报告。4.脊灰疫苗免疫程序转换前后AFP病例脊灰病毒阳性分离率分别为2.91%、1.26%（χ2=4.252,P=0.039）,血清型分别是Ⅰ型（7株）、Ⅱ型（11株）、Ⅲ型（4株）和Ⅰ型（5株）、Ⅲ型（5株）（P=0.010）。非脊灰肠道病毒（Non-polio entervirus,NPEV）分离率阳性分别为14.88%、12.95%（χ2=0.002,P=0.960）。5.20122016年河北省02岁儿童Ⅰ型、Ⅱ型、Ⅲ型脊灰中和抗体几何平均滴度（Geometric Mean Titer,GMT）分别为1:216.93、1:217.18和1:168.04;20172018年Ⅰ型、Ⅲ型GMT分别为1:237.15、1:114.71;脊灰疫苗免疫程序转换前后Ⅰ型（F=0.091,P=0.764）、Ⅲ型（F=0.687,P=0.408）GMT比较差异无统计学意义。结论:1.河北省脊灰疫苗免疫程序转换前后脊灰中和抗体GMT水平未发生改变,AFP病例的季节、地区分布、NEPV阳性分离率、AFP病例60天残留麻痹率等流行特征未发生改变。2.河北省脊灰疫苗免疫程序转换后无VAPP、VDPV病例的报告,AFP病例PV阳性分离率下降。
陈玫,孙丽,赵娜,张俊棉,朱怡青,李静,郭玉,张振国[9]（2018）在《2015-2016年河北省急性弛缓性麻痹病例病原学检测分析》文中指出目的分析2015-2016年河北省急性弛缓性麻痹（AFP）病例的脊髓灰质炎（脊灰）病毒检测状况,为河北省继续维持无脊灰状态提供依据。方法收集2015-2016年河北省AFP病例粪便标本进行病毒分离和鉴定,对脊灰病毒分离株采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增VP1区基因片段,进行核苷酸序列测定和分析。结果从665份AFP病例粪便标本中分离到脊灰病毒12株（1.80%）、非脊灰肠道病毒（NPEV）112株（16.84%）。与Sabin株相比,脊灰病毒VP1区核苷酸发生0个变异3株、1个变异6株、2个变异4株、3个变异2株、4个变异1株;在NPEV分离株中,7-8月份分离株数占47.2%。结论 2015-2016年河北省脊灰病毒分离株均为疫苗相关株,病毒核苷酸变异以低变异为主。
郭悦[10]（2018）在《2008～2016年中国大陆引起手足口病的柯萨奇病毒A组4型流行病学及基因特征和进化分析》文中认为研究背景:手足口病（Hand,foot,and mouth disease,HFMD）是一种全球性肠道病毒感染性传染病,多发生于5岁及以下儿童。其主要临床症状为发热,手、足、口腔黏膜及臀部出现皮疹,重症患者可出现呼吸循环系统及中枢神经系统并发症,甚至导致死亡。全球范围内引起HFMD的病原体主要为人肠道病毒71型（Enterovirus A71,EV-A71）和柯萨奇病毒 A 组 16 型（Coxsackievirus A16,CV-A16）,但近年来由其他肠道病毒（Enterovirus,EV）引起的HFMD不断增多,其中柯萨奇病毒A组4型（Coxsackievirus A4,CV-A4）逐渐成为比较常见的病原体,且在某些地区引起HFMD、疱疹性咽峡炎（Herpangina,HA）、发热性疾病等的暴发流行。文献复习发现有关CV-A4流行病学和病原学方面的研究目前仍比较匮乏,且大多数研究主要集中在一省一市,地理分布和时间跨度都相当有限。而病毒病所目前已经建立了较为成熟的中国大陆HFMD网络实验室监测技术平台,该监测系统为阐明我国HFMD病原谱构成和动态变化提供了基础资料,本研究以此为支撑,首次对2008～2016年中国大陆CV-A4进行较全面、系统的流行病学、基因特征及遗传进化分析。研究目的:本研究首次对2008～2016年中国大陆引起HFMD的CV-A4进行分析,阐明由CV-A4引起的HFMD流行特征,建立CV-A4全长VP1编码区基因序列和全基因组序列测定方法,完善对其基因分型、基因重组及氨基酸变异等基因特征和遗传进化规律的认识,为预测预警CV-A4可能引起的相关疾病提供科学数据、为HFMD病原学积累基础数据。研究方法:基于中国大陆HFMD网络实验室监测技术平台,收集2008～2016年中国大陆由CV-A4引起的HFMD病例信息进行统计学分析、收集各省上报毒株进行基因特征和进化分析。对期间139株中国大陆代表性CV-A4分离株进行全长VP1编码区核苷酸序列进行测定,从中挑选13株代表株进行全基因组测序。同时收集GenBank数据库中CV-A4全长VP1区序列130条,建立CV-A4病毒信息库。使用Sequencher、MEGA、BioEdit、Simplot软件分析其基因序列特征及遗传进化规律。研究结果:1.2008～2016年,共收集到中国大陆由CV-A4引起的HFMD病例250例（23例来自GenBank数据库的HFMD病例类型、性别及发病年龄未知）,其中HFMD轻症患者210例,重症患者17例,分布于25个省（自治区、直辖市）,发病数居前三位的地区分别是天津市（40例）、山东省（26例）和广东省（21例）。病例发病主要集中在4～7月份,男性（150例）多于女性（77例）,发病年龄最大7岁,最小4个月,发病中位年龄为2岁。2.基于全长VP1编码区核苷酸序列将CV-A4划分为A～D四个基因型。1948年的CV-A4原型株（High Point株）、1999年的肯尼亚株和2008年的日本株分别构成A、B和D基因型,其余均属于C基因型。C基因型又可进一步划分为C1～C5五个基因亚型。3.中国大陆引起HFMD的CV-A4流行株主要分布于C2、C4和C5基因亚型分支,其中分别有1株和3株分离株属于C4和C5基因亚型,其余97.5%（158/162）分离株均属于C2基因亚型,包括全部（9株）重症病例代表株。且C2基因亚型仅由中国大陆和中国台湾分离株组成,不包括任何一株非中国分离株。4.对中国大陆流行的包括本实验室测序及GenBank中搜集的共20株CV-A4进行全基因组序列进化分析,提示C2和C5基因亚型的CV-A4存在不同的重组模式。C2基因亚型的CV-A4与CV-A5、CV-A6分别在P3区和5’-UTR区发生重组,且分离自重症病例的CV-A4比轻症更易在P3区与CV-A5发生重组。而C5基因亚型的CV-A4仅在2A编码区与CV-A16发生小片段重组。除与EV-A原型株存在重组外,中国大陆CV-A4还与近年流行的其他EV-A毒株发生基因重组。.5.与原型株相比,C2基因亚型在P1、P2、P3区域分别发生了 9、9、17个氨基酸位点的突变,C5基因亚型则分别发生了 7、6、15个氨基酸位点的变异。两种基因亚型的CV-A4毒株在多数变异位点发生了相同的氨基酸变异结果,仅在P1区的第232、358、588、667位和P2区的第27位以及P3区的第456位氨基酸位点的变异结果有所不同。研究结论:1.2008～2016年中国大陆由CV-A4引起的HFMD流行特征与全国HFMD在性别、年龄、4～7月发病高峰的流行病学特征上较为相似。2.基于全长VP1编码区核苷酸序列可将CV-A4划分为A～D四个基因型,C基因型又可进一步划分为C1～C5五个基因亚型。3.分子流行病学研究发现,C基因型是目前中国大陆流行最广、引起HFMD最多的CV-A4毒株的一种基因类型。2008～2016年间C2基因亚型CV-A4毒株在中国大陆持续循环流行,并且在全国范围内存在较为广泛,是引起中国大陆HFMD的CV-A4病原体的绝对优势基因亚型。4.本研究提示P3非结构蛋白编码区发生的基因重组事件在C2亚型成为优势流行株过程中起到重要作用,对CV-A4的传播力和毒力增强有着一定意义。近年来CV-A4的重组活动非常活跃,这也成为其将来可能引起疾病暴发的潜在原因。5.中国大陆CV-A4的C2基因亚型的氨基酸变异较C5基因亚型更为活跃,且二者均在P3区发生氨基酸变异的频率最高。
二、河北省2001年脊髓灰质炎病原学监测分析（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、河北省2001年脊髓灰质炎病原学监测分析（论文提纲范文）
（1）2009-2018年中国大陆地区埃可病毒6型流行病学及基因特征分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 注释说明清单 |
| 引言 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 标本来源 |
| 1.1.1 标本的采集运输与处理 |
| 1.1.2 E6标本、序列来源信息 |
| 1.2 材料 |
| 1.2.1 实验主要试剂 |
| 1.2.2 实验主要仪器 |
| 1.2.3 实验主要耗材 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 RD细胞的复苏与传代 |
| 2.1.1 RD细胞复苏方法 |
| 2.1.2 RD细胞传代方法 |
| 2.2 E6标本的病毒接种与分离 |
| 2.3 E6标本的核酸提取 |
| 2.4 实时荧光定量(Real-time RT-PCR)鉴定E6 |
| 2.4.1 荧光定量RT-PCR所用探针和引物 |
| 2.4.2 反应体系比例配置及循环条件 |
| 2.4.3 实验对照设置 |
| 2.4.4 实验结果分析 |
| 2.5 E6编码区VP1及全长序列扩增 |
| 2.5.1 扩增测序引物设计 |
| 2.5.2 RT-PCR反应体系及条件 |
| 2.5.3 琼脂糖凝胶电泳鉴定RT-PCR产物 |
| 2.5.4 RT-PCR产物的核苷酸序列测定 |
| 2.5.5 序列的拼接及整理 |
| 2.6 E6生物信息学分析 |
| 2.6.1 系统发育树的建立 |
| 2.6.2 进化起源分析 |
| 2.6.3 重组进化分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 实时荧光定量(Real-time RT-PCR)鉴定结果 |
| 3.2 E6病毒分离结果 |
| 3.3 E6序列扩增结果 |
| 3.3.1 琼脂糖凝胶电泳结果 |
| 3.3.2 序列测定结果 |
| 3.4 我国大陆地区2009-2018年E6 VP1编码区基因特征分析 |
| 3.4.1 E6系统发育树的建立和基因型划分 |
| 3.4.2 E6 VP1编码区进化起源分析 |
| 3.4.3 三种基因型在中国大陆地区的传播 |
| 3.5 11株E6全基因组进化分析 |
| 3.5.1 11株E6全基因组序列同源性分析 |
| 3.5.2 E6非编码区亲缘关系分析 |
| 3.5.3 E6在P1编码区亲缘关系分析 |
| 3.5.4 E6在P2、P3非结构蛋白编码区亲缘关系分析 |
| 3.6 11株E6全基因组序列重组分析 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 埃可病毒6型的研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介及攻读硕士学位期间发表的学术论文 |
（2）疫苗转换后福建省脊髓灰质炎病毒流行株变化及特征分析（论文提纲范文）
| 主要英文缩略词 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 1 脊髓灰质炎 |
| 2 脊灰病毒病原学特征 |
| 3 脊灰疫苗 |
| 4 全球消灭脊灰进展 |
| 5 本课题研究目的 |
| 材料和方法 |
| 1 主要试剂与耗材 |
| 1.1 主要试剂 |
| 1.2 主要耗材 |
| 1.3 仪器设备 |
| 1.4 课题研究相关生物信息学软件 |
| 2 研究方法 |
| 2.1 相关定义 |
| 2.2 研究对象 |
| 2.3 标本采集 |
| 2.4 标本处理 |
| 2.5 细胞复苏 |
| 2.6 细胞传代 |
| 2.7 细胞冻存 |
| 2.8 病毒分离 |
| 2.9 病毒鉴定 |
| 2.10 全基因组序列测定与分析 |
| 2.11 统计学分析 |
| 结果 |
| 一、脊灰病毒监测 |
| 1 AFP病例监测情况 |
| 2 健康儿童带毒率调查 |
| 3 外环境监测情况 |
| 二、脊灰病毒变异特征 |
| 1 VP1 区特征分析 |
| 2 全基因组特征分析 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 Ⅱ型脊灰野病毒消灭后脊灰疫苗株病毒的变化趋势 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（3）新生儿感染埃可病毒11型临床、基因特征及分子检测方法（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一章 新生儿感染EchoV 11的临床特征和VP1区基因特征分析 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.3 实验结果 |
| 1.4 讨论 |
| 第二章 EchoV 11荧光定量PCR检测方法的建立 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.3 实验结果 |
| 2.4 讨论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 中英文对照缩略词表 |
| 攻读学位期间成果 |
| 致谢 |
（4）云南省2000～2017年急性弛缓性麻痹病例中残留麻痹流行病学特征分析（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 建议 |
| 创新点 |
| 局限性 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间获得的学术成果 |
| 致谢 |
（5）埃可病毒11型多个基因型在中国大陆的循环及肠道病毒的实验室生物安全研究（论文提纲范文）
| 缩略语 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 一、前言 |
| 1 肠道病毒的概述 |
| 1.1 人肠道病毒分类及分型方法的发展 |
| 1.2 人肠道病毒基因组结构分析及理化因子敏感性 |
| 1.3 肠道病毒的生命周期及进化机制 |
| 1.4 肠道病毒的一般实验室操作规范及灭活效果研究 |
| 1.5 埃可病毒11型(Echovirus 11)的基本概述 |
| 1.6 全球E-11的暴发与流行 |
| 1.7 E-11的研究现状 |
| 二、材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 实验涉及的E-11标本来源 |
| 2.1.2 病例信息来源 |
| 2.1.3 标本信息来源 |
| 2.1.4 灭活效果评价所用病毒株的确定 |
| 2.1.5 所用试剂 |
| 2.1.6 所用仪器设备 |
| 2.1.7 所用耗材 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 标本的采集、运输与处理 |
| 2.2.2 病毒接种与分离 |
| 2.2.3 病毒滴度测定 |
| 2.2.4 病毒核酸提取 |
| 2.3 标本中E-11的型内鉴定 |
| 2.3.1 实时荧光定量RT-PCR鉴定EV |
| 2.3.2 RT-PCR鉴定E-11 VP1编码区 |
| 2.3.3 E-11全基因组序列测定 |
| 2.3.4 凝胶电泳分析 |
| 2.4 生物信息学分析方法 |
| 2.4.1 中国大陆E-11 VP1编码区序列基因特征分析 |
| 2.4.2 中国大陆E-11的全基因组重组分析 |
| 2.5 肠道病毒消毒灭活效果评价的实验设计 |
| 2.5.1 热力灭活方式灭活EV-A71样本的制备 |
| 2.5.2 化学灭活方式灭活EV-A71的实验设计 |
| 三、结果 |
| 3.1 中国大陆200条E-11毒株的时间和地区分布特征 |
| 3.2 中国大陆200条E-11毒株的分子流行病学分析 |
| 3.2.1 基于VP1编码区全长划分E-11基因型 |
| 3.2.2 中国大陆E-11毒株基因型的时间分布特征 |
| 3.2.3 中国大陆E-11毒株基因型的地区分布特征 |
| 3.3 全球及国外E-11基因型的时间和地区分布特征 |
| 3.4 HFMD病例中E-11分离株的全基因组进化分析 |
| 3.4.1 本研究17株HFMD来源的E-11全基因序列同源性分析 |
| 3.4.2 本研究17株HFMD来源的E-11全基因组序列亲缘性分析 |
| 3.4.3 中国大陆HFMD来源的E-11全基因组序列重组分析 |
| 3.5 肠道病毒的实验室生物安全研究 |
| 3.5.1 肠道病毒的热力灭活效果评价及多重线性回归方程的建立 |
| 3.5.2 肠道病毒常见化学消毒剂的消毒效果评价 |
| 四、讨论 |
| 4.1 研究中国E-11分子流行病学的重要意义 |
| 4.2 中国大陆E-11的基因特征 |
| 4.3 中国大陆E-11的基因重组分析 |
| 4.4 肠道病毒的实验室生物安全 |
| 4.5 展望 |
| 五、结论 |
| 参考文献 |
| 文献综述 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附件1: 我国HFMD实验室网络运转流程图 |
| 附表1: 200条中国大陆E-11全长VP1编码区序列详细信息 |
| 附表2: 国外359条E-11全长VP1编码区序列详细信息 |
| 硕士研究生期间发表的论文 |
（6）2017年西藏自治区健康儿童粪便标本病毒组学研究 ——基于病毒宏基因组学的病原体鉴定及分析（论文提纲范文）
| 缩略语 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 一、引言 |
| 1.1 肠道病毒的概述和分类 |
| 1.2 肠道病毒基因组结构特征 |
| 1.3 肠道病毒的生活周期 |
| 1.4 肠道病毒血清型分型方法的发展 |
| 1.5 柯萨奇病毒B组3型(CV-B3)研究现状 |
| 1.6 高通量测序技术的基本概述与研究背景 |
| 1.7 病毒宏基因组研究现状 |
| 1.8 肠道病毒的宏基因组研究概况 |
| 二、材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 病毒分离培养与鉴定 |
| 2.2.1 粪便标本的采集、运输与处理 |
| 2.2.2 细胞的传代 |
| 2.2.3 病毒的接种与分离 |
| 2.3 标本中肠道病毒和腺病毒核酸检测 |
| 2.4 肠道病毒VP1编码区的核苷酸序列测定 |
| 2.4.1 肠道病毒毒株RNA提取 |
| 2.4.2 VP1编码区的引物设计与合成 |
| 2.4.3 RT-PCR法扩增VP1区序列 |
| 2.4.4 凝胶电泳分析 |
| 2.4.5 PCR产物纯化及回收 |
| 2.4.6 标记反应及标记反应产物纯化 |
| 2.4.7 VP1编码区的测序与拼接 |
| 2.5 高通量测序文库的制备与测序 |
| 2.5.1 病毒核酸提取 |
| 2.5.2 文库的制备 |
| 2.5.3 测序平台的选择与测序 |
| 2.6 数据的生物信息学分析 |
| 2.6.1 数据的质控和人基因组的移除 |
| 2.6.2 数据的组装和分类注释 |
| 2.6.3 转录组表达量的计算 |
| 2.6.4 肠道病毒的进化分析 |
| 三、结果 |
| 3.1 宏基因组测序结果 |
| 3.1.1 数据质检的结果 |
| 3.1.2 人类基因的去除和病毒reads的发现 |
| 3.1.3 宏基因组分类注释结果 |
| 3.1.4 组装和肠道病毒序列的发现 |
| 3.2 西藏健康儿童样本病毒分离结果 |
| 3.2.1 肠道病毒和腺病毒检出情况 |
| 3.2.2 检出肠道病毒的时间、空间和人群分布 |
| 3.2.3 肠道病毒病原学特征 |
| 3.3 CV-B3的系统进化和溯源分析 |
| 3.3.1 CV-B3的基因型划分 |
| 3.3.2 CV-B3在世界范围内的起源和进化分析 |
| 3.3.3 CV-B3在中国大陆的进化和传播动态分析 |
| 3.3.4 分离自西藏自治区健康儿童CV-B3的系统进化特征 |
| 3.4 宏基因组分析结果与常规分离检测结果比较 |
| 3.4.1 宏基因组分析方法用于肠道病毒鉴定 |
| 3.4.2 非肠道病毒检出比较 |
| 四、讨论 |
| 4.1 应用高通量测序研究肠道病毒的重要意义 |
| 4.2 高通量测序应用于病原检测影响因素探讨 |
| 4.3 肠道病毒宏基因组结果解释与探讨 |
| 4.4 CV-B3在中国的流行状况和进化特征 |
| 4.5 展望 |
| 五、结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 研究生期间以第一作者发表的论文 |
（7）河北省手足口病重症和死亡病例其他肠道病毒的流行病学和病原构成特征研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 引言 |
| 第1章 实验研究 |
| 1.1 材料与方法 |
| 1.1.1 研究对象与资料来源 |
| 1.1.2 诊断标准 |
| 1.1.3 统计学分析方法 |
| 1.1.4 实验室检测方法 |
| 1.1.5 基因特征分析方法 |
| 1.2 结果 |
| 1.2.1 其他肠道病毒手足口病流行概况 |
| 1.2.2 其他肠道病毒手足口病重症和死亡病例三间分布特征 |
| 1.2.3 手足口病重症和死亡病例其他肠道病毒病原流行特征 |
| 1.2.4 手足口病重症和死亡病例其他肠道病毒基因特征分析 |
| 1.3 讨论 |
| 1.4 结论 |
| 参考文献 |
| 第2章 综述 手足口病流行特征及其病原学研究进展 |
| 2.1 手足口病流行概况 |
| 2.2 其他肠道病毒手足口病流行概况及研究进展 |
| 2.2.1 流行概况 |
| 2.2.2 重症和死亡病例研究进展 |
| 2.3 其他肠道病毒手足口病病原学研究 |
| 2.3.1 病原学特征 |
| 2.3.2 基因特征 |
| 2.3.3 基因进化分析 |
| 参考文献 |
| 结论 |
| 附录A 主要仪器与材料 |
| 附录B 公共卫生实践工作总结 |
| 致谢 |
| 导师简介 |
| 作者简介 |
| 学位论文数据集 |
（8）河北省脊髓灰质炎疫苗免疫程序转换前后急性弛缓性麻痹病例流行特征比较研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 英文缩写 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 急性弛缓性麻痹病例流行病学和病原学特征研究 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（9）2015-2016年河北省急性弛缓性麻痹病例病原学检测分析（论文提纲范文）
| 材料与方法 |
| 1标本来源 |
| 2病毒分离 |
| 3型内鉴定及血清型鉴定所用试剂和仪器 |
| 4反应体系与结果判定 |
| 5 VP1编码区核苷酸序列测定和分析 |
| 6统计分析 |
| 结果 |
| 1 AFP监测指标及时性 |
| 2病毒分离与鉴定 |
| 3型内鉴定和血清型鉴定 |
| 4 PV VP1编码区核苷酸变异 |
| 5 PV阳性AFP病例特征 |
| 6 NPEV季节分布 |
| 讨论 |
（10）2008～2016年中国大陆引起手足口病的柯萨奇病毒A组4型流行病学及基因特征和进化分析（论文提纲范文）
| 缩略语 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 一、前言 |
| 1 人肠道病毒概述 |
| 1.1 人肠道病毒分类及分型方法 |
| 1.2 人肠道病毒基因结构 |
| 1.3 肠道病毒的进化机制 |
| 2 手足口病概述 |
| 2.1 手足口病流行概况 |
| 2.2 手足口病病原学特征 |
| 2.3 手足口病临床特征 |
| 3 CV-A4流行及研究现状 |
| 二、材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 病例来源 |
| 2.1.2 标本来源 |
| 2.1.3 主要试剂 |
| 2.1.4 主要仪器设备 |
| 2.1.5 主要耗材 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 细胞复苏、传代与冻存 |
| 2.2.2 CV-A4病毒毒株液扩增 |
| 2.2.3 病毒核酸提取 |
| 2.2.4 实时荧光定量RT-PCR鉴定肠道病毒 |
| 2.2.5 RT-PCR法扩增CV-A4 VP1编码区序列 |
| 2.2.6 CV-A4噬斑纯化实验 |
| 2.2.7 CV-A4全基因组序列测定 |
| 2.2.8 琼脂糖凝胶电泳分析 |
| 2.3 生物信息学分析方法 |
| 2.3.1 中国大陆CV-A4 VP1编码区序列基因特征分析 |
| 2.3.2 中国大陆13株CV-A4代表株的全基因组重组分析 |
| 三、结果 |
| 3.1 中国大陆2008～2016年由CV-A4引起的HFMD病例流行病学资料分析 |
| 3.2 中国大陆2008～2016年引起HFMD的CV-A4分子流行病学分析 |
| 3.2.1 基于VP1编码区全长核苷酸序列划分CV-A4基因型 |
| 3.2.2 中国大陆CV-A4毒株流行基因型的时间分布特征 |
| 3.2.3 中国大陆CV-A4毒株流行基因型的地区分布特征 |
| 3.3 CV-A4全基因组进化分析 |
| 3.3.1 本研究13株CV-A4全基因序列同源性分析 |
| 3.3.2 中国大陆CV-A4全基因组序列亲缘性分析 |
| 3.3.3 中国大陆CV-A4代表株全基因组序列重组分析 |
| 3.3.4 中国大陆CV-A4毒株与原型株之间氨基酸变异情况 |
| 四、讨论 |
| 4.1 CV-A4在中国大陆引起的HFMD流行情况 |
| 4.2 2008～2016年中国大陆CV-A4基因特征 |
| 4.3 中国大陆CV-A4在非编码区和非结构蛋白编码区发生基因重组 |
| 4.4 中国大陆CV-A4氨基酸位点变异情况分析 |
| 4.5 展望 |
| 五、结论 |
| 参考文献 |
| 文献综述 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附件1: 我国HFMD实验室监测网络运转流程图 |
| 附表1: GenBank中130条国内外CV-A4全长VP1编码区序列详细信息 |
| 附表2: 250株中国大陆HFMD病例的CV-A4分离株信息 |
| 附表3: 本研究测序所得139株中国大陆CV-A4代表株 |
| 硕士研究生期间以第一作者发表的论文 |
| 附件 |
四、河北省2001年脊髓灰质炎病原学监测分析（论文参考文献）
- [1]2009-2018年中国大陆地区埃可病毒6型流行病学及基因特征分析[D]. 程文隽. 安徽理工大学, 2021(02)
- [2]疫苗转换后福建省脊髓灰质炎病毒流行株变化及特征分析[D]. 庄雅红. 福建医科大学, 2021(02)
- [3]新生儿感染埃可病毒11型临床、基因特征及分子检测方法[D]. 袁颖. 南方医科大学, 2020
- [4]云南省2000～2017年急性弛缓性麻痹病例中残留麻痹流行病学特征分析[D]. 何思然. 昆明医科大学, 2019(06)
- [5]埃可病毒11型多个基因型在中国大陆的循环及肠道病毒的实验室生物安全研究[D]. 李婕. 中国疾病预防控制中心, 2019(10)
- [6]2017年西藏自治区健康儿童粪便标本病毒组学研究 ——基于病毒宏基因组学的病原体鉴定及分析[D]. 韩振志. 中国疾病预防控制中心, 2019(02)
- [7]河北省手足口病重症和死亡病例其他肠道病毒的流行病学和病原构成特征研究[D]. 张文俊. 华北理工大学, 2019(01)
- [8]河北省脊髓灰质炎疫苗免疫程序转换前后急性弛缓性麻痹病例流行特征比较研究[D]. 郭敬云. 河北医科大学, 2019(01)
- [9]2015-2016年河北省急性弛缓性麻痹病例病原学检测分析[J]. 陈玫,孙丽,赵娜,张俊棉,朱怡青,李静,郭玉,张振国. 中国疫苗和免疫, 2018(03)
- [10]2008～2016年中国大陆引起手足口病的柯萨奇病毒A组4型流行病学及基因特征和进化分析[D]. 郭悦. 中国疾病预防控制中心, 2018(05)